Com o objetivo de reverter a degradação dos córregos, o Governo de São Paulo e a Prefeitura do Município de São Paulo lançaram o Programa Córrego Limpo, que faz parte de um projeto maior intitulado "Operação Natureza".

A primeira fase do projeto, iniciada em março de 2007 e concluída em março de 2009, beneficiou cerca de 800 mil pessoas. Nesta etapa foram entregues 42 córregos, sendo que 28 cursos d' água totalmente despoluídos e outros 14 tiveram seus principais trechos recuperados. Mais de 500 litros de esgoto por segundo foram encaminhados para tratamento, com melhorias significativas para os rios Tietê e Pinheiros. Outros 58 serão despoluídos até o segundo semestre de 2010, totalizando 100 córregos. Até agora foram investidos cerca de R$ 90 milhões. Serão investidos cerca de R$ 195 milhões na despoluição desses córregos.

O Programa Córrego Limpo prevê o aprimoramento dos sistemas de coleta de esgotos. Para isso, uma força-tarefa da Sabesp executa obras para ampliar as redes existentes, eliminar os lançamentos clandestinos de esgotos nos córregos e galerias de águas pluviais e também melhorar os sistemas de envio de esgotos às estações de tratamento. Os empreendimentos possibilitarão, ainda, o aumento do número de residências conectadas às redes da Sabesp, o que significa mais esgotos coletados e tratados.

À Prefeitura cabe a manutenção das margens e dos leitos dos córregos, bem como a remoção de imóveis nos fundos de vale que impeçam a passagem das tubulações principais de esgotamento sanitário. Nesse trabalho conjunto, as Subprefeituras irão intensificar a atuação junto aos responsáveis para regularizar a ligação de esgotos.

O programa prevê a despoluição de todos os córregos do município de São Paulo e será feito em consonância com o andamento do programa de despoluição do Rio Tietê e do programa de reurbanização das favelas realizado pela Prefeitura de São Paulo.